Bombas de fluxo são usadas para manter a água na piscina em movimento. Os corais precisam de correntes no tanque para, por um lado, se abastecerem de nutrientes e, por outro, para liberar resíduos. De acordo com as últimas descobertas, o fator atual para o crescimento saudável dos corais foi subestimado no passado. Atualmente, diz-se que um bom padrão de fluxo é pelo menos tão importante quanto uma boa iluminação. Numa piscina dominada por SPS, as piscinas sem areia são frequentemente utilizadas por este motivo, entre outras coisas, pois asseguram uma corrente elevada, o que garante um bom metabolismo das varetas SPS. Além disso, a formação de detritos é evitada e a temida "síndrome do tanque velho" é neutralizada.
Deve-se buscar um fluxo variável com várias bombas no tanque, por exemplo, para garantir o movimento da água atrás do recife. Deve-se garantir que não haja os chamados "cantos mortos" no tanque.